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2017年药物设计方法及软件夏令营

2017-06-07 21:43:34 北京美泽新元科技发展有限公司 阅读

2017年药物设计方法及软件夏令营

时间:2017年7月17-19日

地点:北京大学 医学部

药物设计方法种类繁多,应用广泛,每年发表的文章数以万计。

商业软件价格不菲,免费软件繁复庞杂,如何选择一款适合自己体系的软件,将巨额投入转化成最大收益?

如何化繁为简,从根本上掌握原理,快速掌握一套适合自己工作和科研要求的药物设计软件体系,整理出一条适合自己的思路?

这是令广大软件用户头痛的问题。

其实,软件虽然千变万化,但万变不离其宗。只要从根本上把原理理解透彻,方法掌握清楚,能做到举一反三,触类旁通,各种工具就会变成一个个士兵,任你调遣。

当所有的软件变成顺手的工具,为你的目的服务,你才能将精力用在真正的目标上——发现先导,设计新药!

美元科技(北京美泽新元科技发展有限公司)联合北京大学、浙江大学、中国科学院大学,源资科技(源资信息科技(上海)有限公司)等国内药物设计顶尖团队和软件供应商,致力于知识传播,致力于将工具变得简单,致力于将软件成本压缩至最低!

来吧,朋友们,加入我们吧,大家一起交流,一起学习,一起进步,共同为新药研发贡献绵薄之力!星星之火,可以燎原,让我们一起解析各种软件,直到化繁为简,破茧重生,“训练”出一套适合自己工作和科研使用的药物设计软件体系!

课程对象:致力于将药物设计方法应用于先导化合物的开发和优化研究的学生、和研究人员;了解概念但是未经过系统培训的软件使用爱好者。

授课方式:药物设计软件体系安装与调试;

现场讲解及演示;

夏令营翻转课堂(可选);

北京大学医学部药物设计研究室参观学习(可选);

时间:2017年7月17日-19日;

地点:北京市海淀区学院路38号北京大学医学部国重2号楼2层报告厅

课程安排:


时间

内容

知识点

预期收益

第一天

08:30-09:30

邀请报告:导论——新药研究中的药物设计方法应用

09:30-10:30

茶歇,培训软件的安装与调试,填写学习需求表。

10:30-11:30

导论——分子对接的原理与常用软件介绍

1.       分子对接介绍:原理,方法;

2.       分子对接开源软件介绍;

3.       分子对接在合理药物设计中的应用案例;

4.       与分子对接相关的免费资源介绍。

 

1.       分子对接的原理,受体理论,刚性对接,半柔性对接,柔性对接;

2.       常见分子对接开源软件的名称,所采用的模型,算法,获取方式;

3.       各种分子对接方法和模型的优缺点,适用范围;

4.       PDB数据库及蛋白质、复合物结构获取方法,swissprot数据库及蛋白质序列数据获取方法,在线免费同源模建资源。

1。理解分子对接的原理、模型、方法,不同软件的优缺点和适用范围,能够根据课题需求选择适合的分子对接工具;

2. 掌握分子对接开源软件的获取方式;

3. 掌握分子对接所需数据的获取途径。



11:30-13:30

午餐及休息

13:30-15:00

分子对接软件Surflex-Dock基本操作讲解

1.Surflex-Dock经典应用案例展示;

2.原型分子对接模式机理解释;

3。Surflex-Dock对接优势;

 

1.了解分子对接应用范围;

2。掌握利用Surflex-Dock寻找结合口袋的方法;

3.掌握分子对接操作流程。

15:00-15:15

茶歇及讨论

15:15-17:15

分子对接软件实践(一)

Surflex软件的实践操作:

(1)        SurflexDock进行 DNA与小分子对接;

(2)        基于分子对接的虚拟筛选——以surflex为例

 

1.       分子对接流程;

2.       常见分子结构文件格式;

3.       受体和配体分子的预处理;

4.       SurflexDock的参数设置;

5.       SurflexDock对接的结果显示和分析;

6.       SurflexDock原理。

1.       了解分子对接的基本流程,所需输入文件,所生成输出文件;

2.       掌握常见分子结构文件格式,能够进行简单编辑;

3.       掌握图形界面分子显示和操作软件,能够用图形软件进行分子结构的修饰操作;

4.       掌握SurflexDock的操作,参数的设置方法、物理意义,对接结果的显示方法和分析方法;

5.       了解 SurflexDock原理,了解分子碎片探针、碎片生长法的思路、优点和缺点,方法的适用范围。

17:15-17:50

答疑及探讨

第二天

09:00-10:00

1.       虚拟机软件安装和使用;

2.       Linux操作系统入门;

3.       AutoDock原理及安装。

1.       开源虚拟机软件安装和镜像导入;

2.       Linux的命令行基本操作;

3.       Autodock的原理。

 

1.       掌握开源虚拟机软件的获取、安装方式;掌握像硬盘镜像方式;

2.       了解Linux的文件系统结构、权限管理;掌握常用的linux命令;

3.       了解AutoDock的原理,格点对接、拉马克遗传算法、模拟退火方法的思路,优点缺点和适用范围。

10:00-10:15

茶歇及讨论

10:15-11:45

AutoDock基本操作讲解



11:45-13:30

午餐及休息

13:30-15:00

分子对接实践(二)AutoDock

1)蛋白受体与小分子配体的柔性对接。

1.AutoDockTools的使用;

2。AutogridAutodock的输入文件生成、编辑和程序运行;

3。AutoDock结果分析和显示。

1。 掌握AutoDockTools图形界面的操作,能够应用ADT处理受体、配体分子,选择柔性残基的原则和方法,生成AutogridAutodock的输入文件

2。了解应用AutoDock进行分子对接的流程,了解AutogridAutodock的输入文件的格式,理解文件中各关键词的物理意义,掌握参数设置方法;

3。掌握用命令行运行 AutogridAutodock的方法;

4.掌握Autodock输出的分析方法,能够应用ADT显示对接结果。

15:00-15:15

茶歇及讨论

15:15-17:00

分子对接实践(二)AutoDock

2Autodock在化合物优化改造中的具体应用——如何完成和撰写文章中的分子对接工作。

17:00-17:30

答疑及探讨

 

第三天

9:00-10:00

1.       分子对接程序DOCK的安装与基本操作讲解;

1.       DOCK原理

2.       受体和配体分子的预处理;

3.       应用命令行设置输入参数,生成负模和选择对接位点;

4.       应用命令行设置输入参数,开展半柔性对接和结果分析

1. 了解DOCK对接方法的原理( Anchor-and-Grow算法)和优缺点;

2. 了解应用DOCK进行分子对接的流程,文件格式(只识别mol2),受体和配体分子的处理;

3。 了解掌握DOCK的命令行操作方法,了解主要程序grid,dock及其他程序的输入文件的格式,理解文件中各关键词的物理意义,掌握参数设置方法;

4. 了解掌握DOCK对接结果的显示方法和分析方法;

10:00-10:15

茶歇

10:15-11:45

分子对接实践(三)

1.       DOCK:蛋白质受体与小分子配体的刚性和半柔性对接

2.       DOCK:批量对接与大规模虚拟筛选策略

1.       常用免费小分子数据库获取和预处理;

2.       应用DOCK开展刚性对接的参数设置;

基于DOCK刚性对接的虚拟筛选运行和结果分析。

1.       掌握获取免费小分子数据库的途径,各数据库的特点,对小分子数据库的预处理;

2.       了解虚拟筛选的流程,常用的虚拟筛选方法的优缺点,了解DOCK对接与其他虚拟筛选方法的组合原则;

3.       掌握应用DOCK开展刚性对接的方法,掌握应用DOCK刚性对接开展虚拟筛选的操作流程;

掌握虚拟对接结果分析的方法。

11:45-13:30

午餐及休息

13:30-15:00

分子对接研究论文——案例讲解

15:00-15:15

茶歇及讨论

15:15-17:00

Autodock实例上机操作及个性化需求对接

17:00-17:30

颁发结业证书

17:30-18:00

需求表回馈及个性化案例对接

 

 


课程费用:

高校及科研用户3000元/人,暑期特惠价:1800元/人,三人及三人以上团体报名:1500元/人;

企业用户5000元/人,暑期特惠价:3000元/人,三人及三人以上团体报名2500元/人。

以上费用包含课时费,教材费及午餐费用,不包含差旅及住宿费;费用不接受刷卡,请于培训班开始前一周完成汇款,汇款账号如下:

 

pc蛋蛋注册户名:北京美泽新元科技发展有限公司

pc蛋蛋注册账号:0200020309021610232

开户行:中国工商银行北京太平桥支行  

 

硬件及教材:

1,        根据培训班特编教材;

2,      学员自带电脑,4G 以上内存,200G以上硬盘空间,Windows7及以上系统。

 

报名方式:

1,        发送以下表格至support@kkarkw.cn

2,        收到邮件回复确认报名成功后进行汇款;

3,        汇款后与联系人确认汇款成功即可;

4,        联系人:

唐小姐,15001004571,support@kkarkw.cn, QQ:1129609165。

单位名称


学历

姓名


博士毕业

手机


博士研究生在读

座机


硕士毕业

邮箱


硕士研究生在读

研究方向


本科毕业

在用软件


本科在读

感兴趣的软件


发票抬头


发票内容

服务费   培训费  会议费

路线及住宿推荐:报名后发送至报名表所留的邮箱。


下载培训通知、报名回执:

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图片关键词培训通知.pdf


培训班在线报名


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2017年6月7日


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