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生物大分子动力学模拟培训班通知

学习模拟,冲击顶刊

发高影响力文章,提升科研技能,这,可能是一条捷径!

生物大分子动力学模拟培训班

2018年11月24-25日(A2基础培训)、12月22-23日(A3进阶培训)

北京大学医学部

图片关键词下载报名回执表

 

尊敬的各位老师、同学:

相信您已有切身体会,“闲逛”NCS顶刊、一区二区高IF期刊,随便扫两眼,都会与“计算模拟”邂逅。

近年来,计算模拟技术飞速发展,在物理、化学、生命科学、材料科学等众多领域得到了广泛的应用,涉及计算模拟工作的文章数量激增(有图有真相)。

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图1。 近20年分子动力学模拟发表文章数(数据来源于Web of Science)

 

仅动力学模拟一项的数量就如此惊人!Amazing!难怪总总总邂逅~~~,paper界大有不做点模拟都不好意思发文章的趋势······

有点担心奋斗在科研一线却不会模拟的亲人们~

众所周知,计算模拟堪称提升文章档次的“神器”,不仅能让您的paper“登高一分区”,让您的研究技能“更上一层楼”,还能让您的学术水平“一览众山小”。

话不多说,赶快上车!

您和高影响力期刊之间的距离,只差一点模拟!

是时候牵手模拟,步入科研巅峰了!

北京美泽新元科技发展有限公司联合北京大学药学院重磅推出《药物设计系列培训》及相关技术服务,希望能助您的科研一臂之力!系列培训课程详情如下:

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表1. 药物设计系列培训内容概览

本次专题培训我们为您带来的是《药物设计系列培训》之在生物大分子(蛋白、脂质、核酸、糖类等)体系动力学模拟中常用的一款软件--AMBER。

AMBER分子动力学程序包由加州大学旧金山分校(University of California, San Francisco)的Peter A. Kollman及其同事编写,大约包含60多个程序,相互协调工作,目前已经发展到版本Amber18。此次培训讲由浅入深,边讲边练,帮助所有零基础的学员快速上手,逐步进阶提高,力求在短时间内掌握AMBER程序的运用,并顺利迁移至目标研究体系,解决实际模拟难题。此次培训内容详情如下:

表2。 A2课程内容

A2 生物大分子的动力学模拟基础-体系构建和结合模式分析

(2018年11月24-25日,北京大学医学部院内)

日期


时间

课程

内容

第一天

上午

8:30-10:00

Linux与AMBER

课程1  Linux基础

1.1  系统简介

1.2  操作基础

10:00-10:20

茶歇

10:20-11:00

课程2  AMBER软件简介

2.1  编译安装

2.2  软件应用


11:00-12:00

体系构建

课程3  模型文件的预处理

3.1  模型来源简介

3.2  蛋白文件简介

中午

12:00-14:00


午餐,午休

下午

14:00-15:30

体系构建

3.3  蛋白预处理

3.4  小分子预处理

3。5  AMBER力场简介

3.6  拓扑文件、坐标文件简介

3.7  top、crd文件的生成

3.8  tleap的操作

上机实践

蛋白-配体复合物的预处理

15:30-15:50

茶歇

茶歇

15:50-17:00

MD模拟

课程4  能量优化、分子动力学模拟

4.1  能量优化、分子动力学方法

4.2  输入文件的编写

4.3  运行分子动力学模拟

4.4  输出介绍

上机实践

能量优化、分子动力学模拟

日期


时间

课程

内容

第二天

上午

8:30-10:00

能量计算

课程5  结合自由能计算

5.1  结合自由能计算原理

5。2  输入文件的编写

5.3  运行MM/PBSA计算

5.4  输出介绍

上机实践

结合自由能计算

10:00-10:20

茶歇

10:20-12:00

课程6  结合自由能分解

6.1  结合自由能分解原理

6。2  输入文件的编写

6.3  运行MM/GBSA计算

6。4  输出介绍

上机实践

结合自由能分解计算

中午

12:00-14:00


午餐,午休

上午

14:00-15:30

轨迹分析

课程7  分子动力学轨迹分析

7.1  获取数据

7.2  RMSD分析

7.3  RMSF分析

7。4  氢键分析

7.5  其他关键词及研究方法

15:30-15:50

茶歇

15:50-17:00

上机实践

分子动力学轨迹分析

 

表3. A3课程内容

A3生物大分子的动力学模拟进阶-增强采样与特殊残基处理

(2018年12月22-23日,北京大学医学部院内)

日期


时间

课程

内容

第一天

上午

9:00-10:00

分子动力学原理

课程1  分子动力学模拟理论背景

1。1  概述

1。2  分子力学(力场)

MM基本假设

MM基本特点

MM势函数形式

溶剂模型

力场参数化

MM应用

1.3常用概念

1.4能量优化

最陡下降法

共轭梯度法

10:00-10:30

茶歇

10:30-11:30

1.5分子动力学

有限差分法

时间步长的选择

温度和压力的控制

边界条件

MD的流程

轨迹分析

11:30-12:00

答疑解惑,互动讨论

中午

12:00-13:30


午餐,午休

下午

13:30-15:00

增强采样方法:伞形采样为例

课程2 体系背景介绍

2.1  认识伞形采样

2.2  一个别构位点抑制剂研究案例

15:00-15:20

茶歇

15:20-16:30

课程3  伞形采样的基本流程

3.1  稳态采样和反应坐标选择,规划反应路径

3。2  添加约束条件

3。3  开展伞形采样模拟

3.4  伞形采样的轨迹分析

16:30-17:30

上机实践

蛋白-配体复合物的预处理

日期


时间

课程

内容

第二天

上午

8:30-10:00

特殊残基处理:

糖蛋白和配位体系的处理

课程4 糖基修饰的蛋白质处理

4。1  GLYCAM力场参数介绍

4.2  糖基在GLYCAM力场中的命名规则

4.3  糖蛋白文件预处理流程

4。4  糖蛋白拓扑文件与坐标文件生成

10:00-10:20

茶歇

10:20-12:00

课程5配位体系的处理

5.1  MCPB.py介绍

5.2  MCPB处理流程

5.3  配位体系拓扑文件与坐标文件生成

中午

12:00-13:30


午餐,午休

下午

13:30-15:00

膜结构的模拟

课程6  膜结构的模拟

6。1  脂质力场参数介绍

6.2  packmol介绍

6.3  应用packmol搭建膜模型流程

6.4  膜体系的拓扑文件与坐标文件生成

15:00-15:20

茶歇

15:20-17:30

上机实践与答疑交流

那么问题来了,如此丰富的课程内容,怎么报名并获得全力优惠呢?

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汇款账号:

户  名:北京美泽新元科技发展有限公司
账  号:0200020309021610232 
开户行:中国工商银行北京太平桥支行 

报名方式:

发送下页回执至support@kkarkw.cn。

联系人:

毛小姐,手机:13581939516,邮箱:support@kkarkw.cn

 

图片关键词下载报名回执表

 

药物设计常用方法培训回执(请于课程开始前一周发回回执)

单位名称:


姓名:


职称/职务:


手机号码:


邮箱:


发票内容:

会议费□培训费



发票抬头:


纳税人识别号:


课程选择(请在课程后面打“√”)

A1 蛋白质结构的同源模建和优化

已完结

A2 生物大分子的动力学模拟基础-体系构建和结合模式分析


A3 生物大分子的动力学模拟进阶-结合位点预测与别构调节剂设计


A4 生物大分子—配体的分子对接策略


A5 分子相似性筛选策略及软件应用


A6 药效团和基于片段的药物设计


A7 定量构效关系与虚拟筛选策略


A8 PPI抑制剂的设计策略


A9 如何选择适合自己的药物设计软件平台—Linux操作系统入门和脚本编写;常用开源药物设计软件、作图软件的使用;常用统计方法和软件的使用


A10 学术论文中的药物设计研究内容撰写实操


北京美泽新元科技发展有限公司——您身边的科研服务专家!

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北京美泽新元科技发展有限公司联合北京大学药学院推出药物设计系列培训班和技术服务,希望为广大从事该领域研究的师生服务。

A 药物设计常用方法培训

B 精彩论文重现(将于近期推出)

此部分将选取药物设计领域的精彩案例,进行内容重现。

C 课程定制

根据客户需求定制课程并进行上门服务,内容及费用面议。

D 技术服务

根据客户需求提供计算相关服务,内容及费用面议。

 


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