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蛋白质结构的同源模建和优化培训班第二轮通知

2018-09-27 23:34:27 北京美泽新元科技发展有限公司 阅读


蛋白质结构的同源模建和优化培训班第二轮通知

2018年10月13-14日北京

 

MODELLER广泛用于蛋白质三维结构的同源性或比较建模,至今已被引用上千次。用户只需提供模板蛋白和模建蛋白的序列比对结果,MODELLER即可通过满足空间限制来实现蛋白质结构的同源建模,同时MODELLER也可以执行许多额外的任务,包括蛋白质结构中环的从头建模,灵活定义的目标函数用于优化各种蛋白质结构模型,蛋白质序列和/或结构的多重比对,聚类,序列数据库的搜索等。MODELLER提供多种版本,对于大多数Unix / Linux、Windows、Mac系统用户都可以下载使用。

SAVES是一个常用的多功能同源建模的模型评价网站,包括profile-3D,ERRAT,拉氏图等评价方式,其中拉氏图是一个经典的统计学评价方式,也是期刊文章中常用的模建蛋白合理性评价方式。

同源模建的方法较适合同源性大于35%的蛋白,当需要模建的目标序列同源性低或找不到合适的模板时,就需要从头模建等方法来完成,Rosetta和I-TASSER 是常用的从头模建服务器,他们的方法曾多次在蛋白质结构预测CASP (Critical Assessment of protein Structure Prediction)大赛上拔得头筹。

以上软件将在2018年10月13-14日,由北京大学医学部举办的药物设计常用方法培训”系列课程《专题A1蛋白质结构的同源模建和优化》中呈现。

北京美泽新元科技发展有限公司联合北京大学医学部推出药物设计系列培训班和技术服务,希望为广大从事该领域研究的师生服务。

目前培训班和技术服务分为四个类型:

A 药物设计常用方法培训

具体分为以下三个系列,共计10个专题(详见附件1):

系列I 药物设计策略在生物大分子功能研究中的应用

系列II 药物设计策略在先导化合物发现与优化中的应用

系列III 药物设计领域论文撰写和发表系列

B 精彩论文重现(将于近期推出)

此部分将选取药物设计领域的精彩案例,进行案例解析、论文发表指南以及论文内容重现。

C 课程定制

根据客户需求定制课程并进行上门服务,内容及费用面议。

D 技术服务

根据客户需求提供计算相关服务,内容及费用面议。

 其中“药物设计常用方法培训”系列课程《专题A1蛋白质结构的同源模建和优化》将于2018年10月13-14日在北京大学医学部举办(培训课程详见附件2),欢迎各位老师同学报名参加。


附件1药物设计常用方法培训

系列名称

专题名称

培训时间

课程安排

I 药物设计策略在生物大分子功能研究中的应用

A1 蛋白质结构的同源模建和优化

2018

10月13-14日

见附件2

A2  生物大分子的动力学模拟基础-采用分子动力学软件AMBER预测分析结合位点和设计别构调节剂(有更新)

2018

11月17-18日

即将推出

A3 生物大分子的动力学模拟进阶-采用分子动力学软件AMBER进行氨基酸突变及复杂体系模拟(有更新)

2018

12月22-23日

即将推出

II 药物设计策略在先导化合物发现与优化中的应用

A4  生物大分子配体的分子对接策略

即将推出

即将推出

A5  分子相似性筛选策略及软件应用

即将推出

即将推出

A6  药效团和基于片段的药物设计

即将推出

即将推出

A7  定量构效关系与虚拟筛选策略

即将推出

即将推出

A8  PPI抑制剂的设计策略

即将推出

即将推出

III 药物设计领域论文撰写和发表系列

A9 如何选择适合自己的药物设计软件平台—Linux操作系统入门和脚本编写;常用开源药物设计软件、作图软件的使用;常用统计方法和软件的使用

即将推出

即将推出

A10 学术论文中的药物设计研究内容撰写实操

即将推出

即将推出

附件2

A1 蛋白质结构的同源模建和优化培训安排

时间

内容

知识点

预期收益

第一天

8:00-9:00

培训软件的安装与调试,填写学习需求表

9:00-10:00

1.同源模建介绍:原理,方法,基本步骤;
2.同源模建开源软件/servers介绍;
3.同源模建在合理药物设计中的应用案例;
4.与同源模建相关的免费资源介绍;

5.平台化软件SYBYL介绍。

1.同源模建的原理,比较模建方法,片段匹配法,几何限制法;
2.常见同源模建开源软件的名称,所采用的模型,算法,获取方式;
3.各种同源模建方法的优缺点,适用范围;
4.PDB数据库及蛋白质、复合物结构获取方法,swissprot数据库及蛋白质序列数据获取方法,在线免费同源模建资源。

5.  使用SYBYL软件查看蛋白结构、导入和保存分子结构。

1。理解同源模建的原理、方法,不同软件/servers的优缺点和适用范围,能够根据课题需求选择适合的同源模建工具;
2.掌握同源模建开源软件的获取方式;
3.掌握同源模建所需数据的获取途径。

10:00-12:00

同源模建软件Modeler基本操作讲解

1。Modeler经典应用案例展示;
2.同源蛋白的搜索和模板的选择;
3.序列比对及确定结构的保守区
4.模型的建立
5.同源模建蛋白结构的优化
6.模型的评价

1。了解同源模建应用范围;
2.掌握常用序列、蛋白数据库的检索方法;
3.掌握同源模建的操作流程;
4.掌握同源模建模型的优化及评价方法。

午餐

13:30-17:00

同源模建软件实践(一)
Modeler软件的实践操作:
(1)使用SYBYL软件进行蛋白处理;

(2)用Modeler进行同源模建--单模板模建;
(3)多模板模建的方法

1.同源模建的流程;
2.常见分子结构文件格式;
3.受体和配体分子的预处理;
4.Modeler的参数设置;
5.Modeler的模建结果显示和分析;
6.Modeler原理;

7.SYBYL软件操作方法

1.了解同源模建的基本流程,所需输入文件,所生成输出文件;
2.掌握常见序列、分子结构文件格式,能够进行简单编辑;
3.掌握图形界面分子显示和操作软件,能够用图形软件进行分子结构的修饰操作;
4.掌握Modeler的操作,参数的设置方法、物理意义,模建结果的显示方法和分析方法;
5.了解 Modeler原理,了解比较模建方法的优点和缺点,方法的适用范围。

第二天

8:00-12:00

同源模建软件实践(二)
1、基于分子力学和分子动力学的结构优化;
2、基于SAVES等服务器的模型评价

1.分子力学的优化流程;
2.分子动力学的优化流程;
3.常用用模建结构优化的在线servers;
4.拉氏图等评价方法的操作流程

1.了解分子力学优化的原理,掌握优化的基本流程;
2.了解分子动力学优化的原理和基本流程;
3.掌握常用的分子力学和分子动力学优化模型的在线servers;
4.掌握常用的模型评价方法,EARRT等基于分子力学、拉氏图等基于统计学

午餐

13:30-17:00

同源模建软件实践(三)
1、同源性低的蛋白的模建方法;
2、无模板的模建方法---从头模建。

1.常见同源性低蛋白模建开源软件/servers的名称,所采用的算法,de novo、穿线法等;

2.各种同源性低蛋白模建方法的优缺点,适用范围;

1.了解常见从头模建的算法,开源软件/servers;

2.掌握同源性低蛋白模建的servers及任务提交方式;

3.掌握servers结果的查看和评价方式


培训时间:2018年10月13-14日

培训地点:北京市海淀区学院路38号北京大学医学部院内

收费标准:

2400元/人/期,含教材费,上机费,午餐,不包含差旅及住宿。

温馨提示:

1、A1-A10任选三个专题可以享受9折;选择五个专题以上享受8折;选择全部课程享受7折;汇款时请注明“单位名称+姓名+课程编号”,例如:“北京大学+王小萌+A1,A2,A4”;

2、参加培训课程后,享受三个月课程内容免费答疑;

3、于开班前十日完成汇款的前十名汇款者,可以获赠《常用计算机辅助药物设计软件教程》一本(中国医药科技出版社,主编:张亮仁),以到款时间为准;

4、培训班请自带电脑,我们将为学员安装软件,并承诺教会为止;

5、参加完全部课程的学员,将会被推荐至国内顶尖的药物设计团队读博士或者博士后。

汇款账号:

户  名:北京美泽新元科技发展有限公司
账  号:0200020309021610232 
开户行:中国工商银行北京太平桥支行 

报名方式:

发送下页回执至support@maybiosoft。com。

联系人:

毛小姐,手机:13581939516,邮箱:support@kkarkw.cn


图片关键词蛋白质结构的同源模建和优化培训班回执.docx


药物设计常用方法培训回执(请于课程开始前一周发回回执)

单位名称:


姓名:


职称/职务:


手机号码:


邮箱:


发票内容:

会议费□ 服务费



发票抬头:


纳税人识别号:


课程选择(请在课程后面打“√”)

A1 蛋白质结构的同源模建和优化


A2 生物大分子的动力学模拟基础-采用分子动力学软件AMBER预测分析结合位点和设计别构调节剂


A3 生物大分子的动力学模拟进阶-采用分子动力学软件AMBER进行氨基酸突变及复杂体系模拟


A4  生物大分子—配体的分子对接策略


A5  分子相似性筛选策略及软件应用


A6  药效团和基于片段的药物设计


A7  定量构效关系与虚拟筛选策略


A8  PPI抑制剂的设计策略


A9 如何选择适合自己的药物设计软件平台—Linux操作系统入门和脚本编写;常用开源药物设计软件、作图软件的使用;常用统计方法和软件的使用


A10 学术论文中的药物设计研究内容撰写实操


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